大会期間：2016-11-06〜2016-11-06
全日本大学駅伝に出場するチーム一覧。
| 順位 | チーム | タイム | エントリー |
| 1位 | 青山学院大 | 05:15:14.00 | エントリー |
| 2位 | 早稲田大 | 05:16:10.00 | エントリー |
| 3位 | 山梨学院大 | 05:16:49.00 | エントリー |
| 4位 | 駒澤大 | 05:17:41.00 | エントリー |
| 5位 | 中央学院大 | 05:19:36.00 | エントリー |
| 6位 | 東洋大 | 05:19:49.00 | エントリー |
| 7位 | 東海大 | 05:20:55.00 | エントリー |
| 8位 | 拓殖大 | 05:21:16.00 | エントリー |
| 9位 | 国学院大 | 05:22:11.00 | エントリー |
| 10位 | 帝京大 | 05:22:30.00 | エントリー |
| 11位 | 明治大 | 05:23:19.00 | エントリー |
| 12位 | 日本大 | 05:23:45.00 | エントリー |
| 13位 | 日本体育大 | 05:23:51.00 | エントリー |
| 14位 | 国士舘大 | 05:27:02.00 | エントリー |
| 15位 | 大東文化大 | 05:27:46.00 | エントリー |
| 16位 | 立命館大 | 05:30:40.00 | エントリー |
| 17位 | 京都産業大 | 05:31:37.00 | エントリー |
| 18位 | 岐阜経済大 | 05:35:03.00 | エントリー |
| 19位 | 広島経済大 | 05:35:57.00 | エントリー |
| 20位 | 大阪経済大 | 05:38:07.00 | エントリー |
| 21位 | 関西大 | 05:38:33.00 | エントリー |
| 22位 | 日本文理大 | 05:41:22.00 | エントリー |
| 23位 | 東北大 | 05:41:47.00 | エントリー |
| 24位 | 新潟大 | 05:48:47.00 | エントリー |
| 25位 | 北海道教育大学旭川校 | 05:51:46.00 | エントリー |
| 99位 | 全日本大学選抜 | 05:36:41.00 | エントリー |
| 99位 | 東海学連選抜 | 05:30:08.00 | エントリー |
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