大会期間：2016-12-25〜2016-12-25
全国高校駅伝に出場するチーム一覧。
| 順位 | チーム | タイム | エントリー |
| 2位 | 小豆島 | 01:13:29.00 | エントリー |
| 3位 | 倉敷 | 02:02:34.00 | エントリー |
| 4位 | 佐久長聖 | 02:03:16.00 | エントリー |
| 5位 | 九州学院 | 02:03:51.00 | エントリー |
| 6位 | 大分東明 | 02:05:22.00 | エントリー |
| 7位 | 伊賀白鳳 | 02:05:31.00 | エントリー |
| 8位 | 西脇工 | 02:05:41.00 | エントリー |
| 9位 | 世羅 | 02:05:49.00 | エントリー |
| 10位 | 洛南 | 02:06:10.00 | エントリー |
| 11位 | 鳥栖工 | 02:06:24.00 | エントリー |
| 12位 | 市船橋 | 02:06:26.00 | エントリー |
| 13位 | 東農大二 | 02:06:30.00 | エントリー |
| 14位 | 鹿児島実 | 02:06:42.00 | エントリー |
| 15位 | 山梨学院 | 02:06:50.00 | エントリー |
| 16位 | 浜松商 | 02:06:54.00 | エントリー |
| 17位 | 小林 | 02:07:03.00 | エントリー |
| 18位 | 藤沢翔陵 | 02:07:10.00 | エントリー |
| 19位 | 札幌山の手 | 02:07:13.00 | エントリー |
| 20位 | 國學院久我山 | 02:07:17.00 | エントリー |
| 21位 | 大牟田 | 02:07:23.00 | エントリー |
| 22位 | 武蔵越生 | 02:07:31.00 | エントリー |
| 23位 | 秋田工 | 02:07:35.00 | エントリー |
| 24位 | 佐野日大 | 02:07:40.00 | エントリー |
| 25位 | 一関学院 | 02:08:01.00 | エントリー |
| 26位 | 水城 | 02:08:19.00 | エントリー |
| 27位 | 仙台育英 | 02:08:52.00 | エントリー |
| 28位 | 豊川 | 02:09:12.00 | エントリー |
| 29位 | 酒田南 | 02:09:15.00 | エントリー |
| 30位 | 中京 | 02:09:30.00 | エントリー |
| 31位 | 関大北陽 | 02:09:39.00 | エントリー |
| 32位 | 中越 | 02:09:41.00 | エントリー |
| 33位 | 青森山田 | 02:09:52.00 | エントリー |
| 34位 | 西京 | 02:10:01.00 | エントリー |
| 35位 | 遊学館 | 02:10:15.00 | エントリー |
| 36位 | 鎮西学院 | 02:10:17.00 | エントリー |
| 37位 | 富山商 | 02:10:47.00 | エントリー |
| 38位 | 鳥取城北 | 02:10:54.00 | エントリー |
| 39位 | 智辯カレッジ | 02:11:08.00 | エントリー |
| 40位 | 出雲工 | 02:11:18.00 | エントリー |
| 41位 | 高知農 | 02:11:27.00 | エントリー |
| 42位 | 草津東 | 02:11:40.00 | エントリー |
| 43位 | 学法石川 | 02:12:22.00 | エントリー |
| 44位 | 松山商 | 02:12:23.00 | エントリー |
| 45位 | 美方 | 02:12:31.00 | エントリー |
| 46位 | つるぎ | 02:13:36.00 | エントリー |
| 47位 | コザ | 02:14:19.00 | エントリー |
| 48位 | 和歌山北 | 02:16:22.00 | エントリー |
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