大会期間：2016-12-25〜2016-12-25
全国女子高校駅伝に出場するチーム一覧。
| 順位 | チーム | タイム | エントリー |
| 1位 | 薫英女学院（女子） | 01:07:24.00 | エントリー |
| 2位 | 西脇工（女子） | 01:08:08.00 | エントリー |
| 3位 | 神村学園（女子） | 01:08:14.00 | エントリー |
| 4位 | 筑紫女学園（女子） | 01:08:45.00 | エントリー |
| 5位 | 成田（女子） | 01:08:47.00 | エントリー |
| 6位 | 長野東（女子） | 01:08:54.00 | エントリー |
| 7位 | 豊川（女子） | 01:09:07.00 | エントリー |
| 8位 | 世羅（女子） | 01:09:21.00 | エントリー |
| 9位 | 立命館宇治（女子） | 01:09:23.00 | エントリー |
| 10位 | 常磐（女子） | 01:09:26.00 | エントリー |
| 11位 | 荏田（女子） | 01:09:33.00 | エントリー |
| 12位 | 山梨学院（女子） | 01:09:38.00 | エントリー |
| 13位 | 青森山田（女子） | 01:09:40.00 | エントリー |
| 14位 | 土岐商（女子） | 01:09:43.00 | エントリー |
| 15位 | 仙台育英（女子） | 01:09:53.00 | エントリー |
| 16位 | 興譲館（女子） | 01:10:01.00 | エントリー |
| 17位 | 熊本信愛女学院（女子） | 01:10:02.00 | エントリー |
| 18位 | 諫早（女子） | 01:10:21.00 | エントリー |
| 19位 | 山田（女子） | 01:10:33.00 | エントリー |
| 20位 | 旭川龍谷（女子） | 01:10:38.00 | エントリー |
| 21位 | 宮崎日大（女子） | 01:10:51.00 | エントリー |
| 22位 | 盛岡誠桜（女子） | 01:11:00.00 | エントリー |
| 23位 | 順天（女子） | 01:11:06.00 | エントリー |
| 24位 | 茨城キリスト（女子） | 01:11:07.00 | エントリー |
| 25位 | 大分東明（女子） | 01:11:13.00 | エントリー |
| 26位 | 白鴎大足利（女子） | 01:11:22.00 | エントリー |
| 27位 | 中村女子（女子） | 01:11:23.00 | エントリー |
| 28位 | 山形城北（女子） | 01:11:26.00 | エントリー |
| 29位 | 比叡山（女子） | 01:11:29.00 | エントリー |
| 30位 | 本庄東（女子） | 01:11:30.00 | エントリー |
| 31位 | 島田（女子） | 01:11:34.00 | エントリー |
| 32位 | 津商（女子） | 01:12:17.00 | エントリー |
| 33位 | 鳴門（女子） | 01:12:21.00 | エントリー |
| 34位 | 秋田北鷹（女子） | 01:12:26.00 | エントリー |
| 35位 | 学法石川（女子） | 01:12:45.00 | エントリー |
| 36位 | 遊学館（女子） | 01:12:58.00 | エントリー |
| 37位 | 智辯カレッジ（女子） | 01:12:58.00 | エントリー |
| 38位 | 佐賀清和（女子） | 01:12:59.00 | エントリー |
| 39位 | 神島（女子） | 01:13:02.00 | エントリー |
| 40位 | 平田（女子） | 01:14:13.00 | エントリー |
| 41位 | 富山商（女子） | 01:14:27.00 | エントリー |
| 42位 | 新潟産大付（女子） | 01:14:39.00 | エントリー |
| 43位 | 美方（女子） | 01:14:53.00 | エントリー |
| 44位 | 鳥取城北（女子） | 01:15:01.00 | エントリー |
| 45位 | 小豆島（女子） | 01:15:05.00 | エントリー |
| 46位 | 八幡浜（女子） | 01:17:08.00 | エントリー |
| 47位 | 那覇西（女子） | 01:19:21.00 | エントリー |
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